{rfName}
Th

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

440

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Garcia Vallve, SantiagoAutor o coautorMulero Abellán, MiguelAutor o coautorCereto Massagué, Adrián JoséAutor o coautorTomas Hernández, SaraAutor o coautorGimeno AAutor o coautorOjeda-Montes MAutor o coautorBeltran-Debon RAutor o coautorPujadas GInvestigador principal
Compartir
Publicacions
>
Review

The light and dark sides of virtual screening: What is there to know?

Publicat a:International Journal Of Molecular Sciences. 20 (6): 1375- - 2019-03-19 20(6), DOI: 10.3390/ijms20061375

Autors: Gimeno, Aleix; Jose Ojeda-Montes, Maria; Tomas-Hernandez, Sarah; Cereto-Massague, Adria; Beltran-Debon, Raul; Mulero, Miquel; Pujadas, Gerard; Garcia-Vallve, Santiago

Afiliacions

Avinguda Universitat - Autor o coautor
CEICS, EURECAT, TECNIO, Avinguda Univ 1, Reus 43204, Catalonia, Spain - Autor o coautor
Univ Rovira & Virgili, Res Grp Cheminformat & Nutr, Dept Bioquim & Biotecnol, Campus Sescelades, E-43007 Tarragona, Catalonia, Spain - Autor o coautor
Universitat Rovira i Virgili - Autor o coautor

Resum

© 2019 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland. Virtual screening consists of using computational tools to predict potentially bioactive compounds from files containing large libraries of small molecules. Virtual screening is becoming increasingly popular in the field of drug discovery as in silico techniques are continuously being developed, improved, and made available. As most of these techniques are easy to use, both private and public organizations apply virtual screening methodologies to save resources in the laboratory. However, it is often the case that the techniques implemented in virtual screening workflows are restricted to those that the research team knows. Moreover, although the software is often easy to use, each methodology has a series of drawbacks that should be avoided so that false results or artifacts are not produced. Here, we review the most common methodologies used in virtual screening workflows in order to both introduce the inexperienced researcher to new methodologies and advise the experienced researcher on how to prevent common mistakes and the improper usage of virtual screening methodologies.

Paraules clau
bioactivity predictioncheminformaticsdrug discoverymedicinal chemistryAlgorithmBioactivity predictionCheminformaticsDatabaseDescriptorsDockingDrug discoveryDrug evaluation, preclinicalGenerationLigandsMedicinal chemistryMolecular docking simulationReproducibility of resultsSelectionSoftwareStrategiesUser-computer interfaceValidationVirtual screening

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista International Journal Of Molecular Sciences a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2019, es trobava a la posició 74/297, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biochemistry & Molecular Biology.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 5.32. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 6.38 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 19.7 (font consultada: Dimensions May 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-05-23, el següent nombre de cites:

  • WoS: 162
  • Scopus: 194
  • Europe PMC: 84
  • OpenCitations: 177
Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-05-23:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 550.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 546 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 0.25.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.11797/imarina5658453
Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Gimeno Vives, Aleix) i Últim Autor (Garcia-Vallve S).