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Garcia Vallve, SantiagoAutor o CoautorMulero Abellán, MiguelAutor o CoautorCereto Massagué, Adrián JoséAutor o CoautorTomas Hernández, SaraAutor o CoautorGimeno AAutor o CoautorOjeda-Montes MAutor o CoautorBeltran-Debon RAutor o CoautorPujadas GInvestigador principal
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The light and dark sides of virtual screening: What is there to know?

Publicado en:International Journal Of Molecular Sciences. 20 (6): 1375- - 2019-03-19 20(6), DOI: 10.3390/ijms20061375

Autores: Gimeno, Aleix; Jose Ojeda-Montes, Maria; Tomas-Hernandez, Sarah; Cereto-Massague, Adria; Beltran-Debon, Raul; Mulero, Miquel; Pujadas, Gerard; Garcia-Vallve, Santiago

Afiliaciones

Avinguda Universitat - Autor o Coautor
CEICS, EURECAT, TECNIO, Avinguda Univ 1, Reus 43204, Catalonia, Spain - Autor o Coautor
Univ Rovira & Virgili, Res Grp Cheminformat & Nutr, Dept Bioquim & Biotecnol, Campus Sescelades, E-43007 Tarragona, Catalonia, Spain - Autor o Coautor
Universitat Rovira i Virgili - Autor o Coautor

Resumen

© 2019 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland. Virtual screening consists of using computational tools to predict potentially bioactive compounds from files containing large libraries of small molecules. Virtual screening is becoming increasingly popular in the field of drug discovery as in silico techniques are continuously being developed, improved, and made available. As most of these techniques are easy to use, both private and public organizations apply virtual screening methodologies to save resources in the laboratory. However, it is often the case that the techniques implemented in virtual screening workflows are restricted to those that the research team knows. Moreover, although the software is often easy to use, each methodology has a series of drawbacks that should be avoided so that false results or artifacts are not produced. Here, we review the most common methodologies used in virtual screening workflows in order to both introduce the inexperienced researcher to new methodologies and advise the experienced researcher on how to prevent common mistakes and the improper usage of virtual screening methodologies.

Palabras clave
bioactivity predictioncheminformaticsdrug discoverymedicinal chemistryAlgorithmBioactivity predictionCheminformaticsDatabaseDescriptorsDockingDrug discoveryDrug evaluation, preclinicalGenerationLigandsMedicinal chemistryMolecular docking simulationReproducibility of resultsSelectionSoftwareStrategiesUser-computer interfaceValidationVirtual screening

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista International Journal Of Molecular Sciences debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2019, se encontraba en la posición 74/297, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 5.32. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 6.38 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 19.7 (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-23, el siguiente número de citas:

  • WoS: 162
  • Scopus: 194
  • Europe PMC: 84
  • OpenCitations: 177
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-23:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 552.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 546 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.25.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.11797/imarina5658453
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Gimeno Vives, Aleix) y Último Autor (Garcia-Vallve S).