{rfName}
Pr

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

154

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Arola Ferrer, Luis MariaAutor o coautorSalvadó Rovira, Maria JosepaAutor o coautorBladé Segarra, Maria CintaAutor o coautorFernández Larrea, Juan BautistaAutor o coautorPujadas Anguiano, GerardAutor o coautorBlay Olivé, Maria TeresaAutor o coautorVaque Marques, MontserratAutor o coautorArdèvol Grau, AnnaAutor o coautorFernández-Larrea JAutor o coautorArola LAutor o coautor

Compartir

Publicacions
>
Review

Protein-ligand docking: A review of recent advances and future perspectives

Publicat a:Current Pharmaceutical Analysis. 4 (1): 1-19 - 2008-02-01 4(1), DOI: 10.2174/157341208783497597

Autors: Vaque, Montserrat; Ardrevol, Anna; Blade, Cinta; Salvado, M Josepa; Blay, Mayte; Fernandez-Larrea, Juan; Arola, Lluis; Pujadas, Gerard

Afiliacions

Univ Rovira & Virgili, Dept Bioquim & Biotecnol, Tarragona 43007, Catalonia, Spain - Autor o coautor
Universitat Rovira i Virgili - Autor o coautor

Resum

Understanding the interactions between proteins and ligands is crucial for the pharmaceutical and functional food industries. The experimental structures of these protein/ligand complexes are usually obtained, under highly expert control, by time-consuming techniques such as X-ray crystallography or NMR. These techniques are therefore not suitable for routinely screening the possible interaction between one receptor and thousands of ligands. To overcome this limitation, computational algorithms (i.e. docking algorithms) have been developed that use the individual structures of the receptor and ligand to predict the structure of their complex. The present review, then, summarizes: (a) the fundamentals of the algorithms of the most commontly used docking programmes (with particular emphasis on their strengths and limitations); (b) how the results from different docking algorithms compare (i.e. which software gives the best predictions); and (c) the future perspectives and challenges for docking techniques. © 2008 Bentham Science Publishers Ltd.

Paraules clau

Accommodating receptor flexibilityAutodockAutomated dockingBinding-sitesDrug designEfficient molecular dockingEhitsEmpirical scoring functionsFlexible ligandsGlideGoldHomology modelsIncremental construction algorithmMolegro virtual dockerSide-chain flexibility

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Current Pharmaceutical Analysis a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència Scopus (SJR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2008, es trobava a la posició , aconseguint així situar-se com a revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoria Pharmaceutical Science. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada en el Cuartil Q4 per a l'agència WoS (JCR) en la categoria Pharmacology & Pharmacy.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions, proporciona un valor de: 7.39, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: Dimensions Jun 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-06-28, el següent nombre de cites:

  • WoS: 70
  • Scopus: 84

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-06-28:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 145.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 144 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 3.
  • El nombre de mencions a Viquipèdia: 1 (Altmetric).

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Vaqué M) i Últim Autor (Pujadas G).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Pujadas G.