{rfName}
Ha

Llicència i ús

Altmetrics

Grant support

Universitat Rovira i Virgili, Grant/Award Number: 2019PFR-URV-B2-69; European Union's Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement, Grant/Award Number: 713679

Anàlisi d'autories institucional

Macip, GuillemAutor o coautorSaldivar-Espinoza, BryanAutor (correspondència)Ojeda-Montes, Maria JoseAutor (correspondència)Gimeno, AleixAutor o coautorCereto-Massagué, AdriàAutor o coautorGarcia-Vallve, SantiagoAutor (correspondència)Pujadas, GerardAutor (correspondència)

Compartir

8 denovembre de 2021
Publicacions
>
Review
Hybrid Gold

Haste makes waste: A critical review of docking-based virtual screening in drug repurposing for SARS-CoV-2 main protease (M-pro) inhibition

Publicat a:Medicinal Research Reviews. 42 (2): 744-769 - 2022-03-01 42(2), DOI: 10.1002/med.21862

Autors: Macip, Guillem; Garcia-Segura, Pol; Mestres-Truyol, Julia; Saldivar-Espinoza, Bryan; Ojeda-Montes, Maria Jose; Gimeno, Aleix; Cereto-Massague, Adria; Garcia-Vallve, Santiago; Pujadas, Gerard

Afiliacions

Avinguda Univ 1, EURECAT, TECNIO, CEICS, Reus, Spain - Autor o coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed, Joint IRB BSC CRG Program Computat Biol, IRB Barcelona, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Joint Unit Univ Rovira & Virgili EURECAT, Unique Sci & Tech Infrastruct ICTS, EURECAT Ctr Tecnol Catalunya, Ctr Omic SciCOS, Reus, Spain - Autor o coautor
SIB Swiss Inst Bioinformat, Mol Modeling Grp, Lausanne, Switzerland - Autor o coautor
Univ Rovira & Virgili, Res Grp Cheminformat & Nutr, Dept Bioquim & Biotecnol, C Marcel Li Domingo 1, Tarragona 43007, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

This review makes a critical evaluation of 61 peer-reviewed manuscripts that use a docking step in a virtual screening (VS) protocol to predict SARS-CoV-2 M-pro (M-pro) inhibitors in approved or investigational drugs. Various manuscripts predict different compounds, even when they use a similar initial dataset and methodology, and most of them do not validate their methodology or results. In addition, a set of known 150 SARS-CoV-2 M-pro inhibitors extracted from the literature and a second set of 81 M-pro inhibitors and 113 inactive compounds obtained from the COVID Moonshot project were used to evaluate the reliability of using docking scores as feasible predictors of the potency of a SARS-CoV-2 M-pro inhibitor. Using two SARS-CoV-2 M-pro structures and five protein-ligand docking programs, we proved that the correlation between the pIC(50) and docking scores is not good. Neither was any correlation found between the pIC(50) and the increment G calculated with an MM-GBSA method. When a group of experimentally known inactive compounds was added, neither the docking scores or the increment G were able to distinguish between compounds with or without M-pro experimental inhibitory activity. Performances improved when covalent and noncovalent inhibitors were treated separately, but were not good enough to fully support using a docking score as a cutoff value for selecting new putative M-pro inhibitors or predicting the relative bioactivity of a compound by comparison with a reference compound. The two sets of known SARS-CoV-2 M-pro inhibitors presented here could be used for validating future VS protocols which aim to predict M-pro inhibitors.

Paraules clau

3c-like proteinase, sars-cov-23cl proteasesAntiviral agentsBinding free-energyCoronavirusCoronavirus 3c proteasesCovalent inhibitorsCovid-19DiscoveryDrug repositioningDrug repurposingGlideHumansIdentificationLigandM-pro inhibitorsMechanismMolecular dockingMolecular docking simulationMolecular dynamics simulationReproducibility of resultsSars-cov-2Sars-cov-2 3c proteaseSiteVirtual screening

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Medicinal Research Reviews a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2022, es trobava a la posició 1/60, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Chemistry, Medicinal. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 4.73. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 4.56 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 9.04 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-22, el següent nombre de cites:

  • WoS: 47
  • Scopus: 57
  • Europe PMC: 34

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-22:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 106.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 111 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 5.85.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 3 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a Viquipèdia: 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.11797/imarina9231296

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Switzerland.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Macip Sancho, Guillem) i Últim Autor (Pujadas Anguiano, Gerard).

els autors responsables d'establir les tasques de correspondència han estat Saldivar Espinoza, Bryan Percy, OJEDA MONTES, Mª JOSÉ, Garcia Vallve, Santiago i Pujadas Anguiano, Gerard.