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Universitat Rovira i Virgili, Grant/Award Number: 2019PFR-URV-B2-69; European Union's Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement, Grant/Award Number: 713679

Análisis de autorías institucional

Macip, GuillemAutor o CoautorSaldivar-Espinoza, BryanAutor (correspondencia)Ojeda-Montes, Maria JoseAutor (correspondencia)Gimeno, AleixAutor o CoautorCereto-Massagué, AdriàAutor o CoautorGarcia-Vallve, SantiagoAutor (correspondencia)Pujadas, GerardAutor (correspondencia)

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8 de noviembre de 2021
Publicaciones
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Review
Hybrid Gold

Haste makes waste: A critical review of docking-based virtual screening in drug repurposing for SARS-CoV-2 main protease (M-pro) inhibition

Publicado en:Medicinal Research Reviews. 42 (2): 744-769 - 2022-03-01 42(2), DOI: 10.1002/med.21862

Autores: Macip, Guillem; Garcia-Segura, Pol; Mestres-Truyol, Julia; Saldivar-Espinoza, Bryan; Ojeda-Montes, Maria Jose; Gimeno, Aleix; Cereto-Massague, Adria; Garcia-Vallve, Santiago; Pujadas, Gerard

Afiliaciones

Avinguda Univ 1, EURECAT, TECNIO, CEICS, Reus, Spain - Autor o Coautor
Barcelona Inst Sci & Technol, Inst Res Biomed, Joint IRB BSC CRG Program Computat Biol, IRB Barcelona, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Joint Unit Univ Rovira & Virgili EURECAT, Unique Sci & Tech Infrastruct ICTS, EURECAT Ctr Tecnol Catalunya, Ctr Omic SciCOS, Reus, Spain - Autor o Coautor
SIB Swiss Inst Bioinformat, Mol Modeling Grp, Lausanne, Switzerland - Autor o Coautor
Univ Rovira & Virgili, Res Grp Cheminformat & Nutr, Dept Bioquim & Biotecnol, C Marcel Li Domingo 1, Tarragona 43007, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

This review makes a critical evaluation of 61 peer-reviewed manuscripts that use a docking step in a virtual screening (VS) protocol to predict SARS-CoV-2 M-pro (M-pro) inhibitors in approved or investigational drugs. Various manuscripts predict different compounds, even when they use a similar initial dataset and methodology, and most of them do not validate their methodology or results. In addition, a set of known 150 SARS-CoV-2 M-pro inhibitors extracted from the literature and a second set of 81 M-pro inhibitors and 113 inactive compounds obtained from the COVID Moonshot project were used to evaluate the reliability of using docking scores as feasible predictors of the potency of a SARS-CoV-2 M-pro inhibitor. Using two SARS-CoV-2 M-pro structures and five protein-ligand docking programs, we proved that the correlation between the pIC(50) and docking scores is not good. Neither was any correlation found between the pIC(50) and the increment G calculated with an MM-GBSA method. When a group of experimentally known inactive compounds was added, neither the docking scores or the increment G were able to distinguish between compounds with or without M-pro experimental inhibitory activity. Performances improved when covalent and noncovalent inhibitors were treated separately, but were not good enough to fully support using a docking score as a cutoff value for selecting new putative M-pro inhibitors or predicting the relative bioactivity of a compound by comparison with a reference compound. The two sets of known SARS-CoV-2 M-pro inhibitors presented here could be used for validating future VS protocols which aim to predict M-pro inhibitors.

Palabras clave

3c-like proteinase, sars-cov-23cl proteasesAntiviral agentsBinding free-energyCoronavirusCoronavirus 3c proteasesCovalent inhibitorsCovid-19DiscoveryDrug repositioningDrug repurposingGlideHumansIdentificationLigandM-pro inhibitorsMechanismMolecular dockingMolecular docking simulationMolecular dynamics simulationReproducibility of resultsSars-cov-2Sars-cov-2 3c proteaseSiteVirtual screening

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Medicinal Research Reviews debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 1/60, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Chemistry, Medicinal. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 4.73. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 4.56 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 9.04 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-22, el siguiente número de citas:

  • WoS: 47
  • Scopus: 57
  • Europe PMC: 34

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-22:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 106.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 111 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.85.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 3 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/20.500.11797/imarina9231296

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Switzerland.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Macip Sancho, Guillem) y Último Autor (Pujadas Anguiano, Gerard).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido Saldivar Espinoza, Bryan Percy, OJEDA MONTES, Mª JOSÉ, Garcia Vallve, Santiago y Pujadas Anguiano, Gerard.